Shizuma Orikasa, một cựu samurai của tộc Aizu, đã từ bỏ thanh kiếm, cởi bỏ búi tóc và làm nghề lái xe kéo ở Tokyo, nhưng anh vẫn giữ được những kỹ năng kiếm thuật gây chấn động quân đội chính phủ trong Chiến tranh Boshin
Một ngày nọ, Digimon Xros Loader bỗng xuất hiện trước mặt Taiki, là 1 cậu bé có trái tim nhân ái, và nghe được tiếng kêu cứu của Shoutmon. Digimon Xros Loader có thể giúp cho Digimon tràn đầy năng lượng. Và Taiki được chọn làm General. Taiki và bạn mình rơi vào thế giới song song, thế giới số. Tại đó, xuất hiện những tên địch nhằm tiêu diệt Taiki và các bạn. Một cuộc chiến xảy ra, Taiki và Shoutmon với sức mạnh của Digimon Xros Loader chống lại kẻ địch.
Câu chuyện xoay quanh Taito nhân vật chính của chúng ta, dù tai không to như cái tên của cậu, nhưng cậu lại là người mang trong mình tinh vận Phá Quân, rút được thần kiếm Loạn Vũ, các ep đầu còn trẻ trâu nhưng những ep sau thì cân team.
Một con nhóc năm nhất mới vào trường gia nhập vào clb súng ống chuyên chơi survival. Chuyện gì sẽ đến tiếp theo? Xem film sẽ rõ.
Hai mươi năm trước, một tiểu hành tinh trên đường tiến đến Trái đất đã phá hủy Sao Diêm Vương, khiến các tiểu hành tinh trong quỹ đạo Sao Diêm Vương (gọi là Thanatos) tạm thời trì trệ.