The story is set in August of 2026 at the Fuji Training Facility. Natori Touko, a third-year middle school student in the Eastern Private Defense Academy, is entrenched in field training with instructor Kamiya. It has been a harsh training regiment, but it is finally the last day. Kamiya proposes a extracurricular class under the name Newest Weapons Research. But then, an incident occurs that rocks all of Japan.
Trên lục địa bị cai trị bởi sự hỗn loạn, các chúa tể có quyền lực của một dấu ấn thánh thần có thể làm dịu sự hỗn loạn và bảo vệ người dân. Tuy nhiên, trước khi ai đó nhận ra điều đó, các nhà cai trị đã gạt tín ngưỡng của họ sang 1 bên để làm sạch sự hỗn loạn, và thay vì bắt đầu chém giết lẫn nhau để có được sự thống trị của nhau.
Vào thời Chiến Quốc của Trung Quốc cổ (476-211 trước Công nguyên), chiến tranh đã gây nên vô số những điều thảm khốc khiến cho nhiều người mất đi gia đình, người thân, trong số đó có 2 cậu bé là Shin và Hyou của vương quốc Tần.
Trái Đất trong quá khú đã bị người ngoài hành tinh xâm chiếm. Trong khi lực lượng phòng thủ Trái Đất gần như thất bại, một thế lực bí ẩn lấy hình dạng con người xuất hiện và cứu nguy mọi người.
Macross Δ (Macross Delta) được thiết lập tám năm sau khi các sự kiện của Macross F. Đại khái như phần tiếp theo của phần Macross F.