Hiệp hội bí ẩn Kisaragi. Hiện tại Hiệp hội Kisaragi được toàn Trái Đất biết tới là công ty lớn nhất, nhưng họ lại tự xưng là một tổ chức tà ác và nhúng tay vào các hoạt động gian tà, đánh bại các Anh hùng rồi chiếm lấy thế giới
Vào thời Edo, tại quận Fukagawa thuộc Edo cũ (ngày nay là Kyoto). Vì vùng này thường xuyên xảy ra hỏa hoạn và lũ lụt, cư dân ở đây phải thường xuyên thuê các vật như các lọ, futon và quần áo từ các shop thay vì mua chúng, để không bị cản trở khi chạy mỗi khi có chuyện xảy ra.
Ngày nay, con người đã sống trong thời kì hiện đại. Nhưng những tàn tích của những vũ khí cổ xưa vẫn còn. Vũ khí chứa đựng linh hồn thao túng con ý chí con người. Những người bị vũ khí thao túng sẽ được gọi là vật chứa (bosuma), những người chưa bị thao túng nhưng điều khiển được vũ khí được gọi là Kén nhộng.
Miko là một học sinh cao trung điển hình có cuộc sống đảo lộn khi cô đột nhiên bắt đầu nhìn thấy những con quái vật ghê rợn và gớm ghiếc. Mặc dù hoàn toàn vô cùng sợ hãi, Miko vẫn tiếp tục cuộc sống hàng ngày của mình, giả vờ không để ý đến nỗi kinh hoàng đang bao quanh cô.
Tiếp theo SS 1, câu chuyện xoay quanh cuộc đời của Tomoya và Nagisa sau khi 2 người tốt nghiệp THPT. Từ lúc Tomoya bày tỏ tình cảm của mình với Nagisa, 2 người càng lúc càng gắn bó khăng khít hơn với nhau (Có kết hôn, có "make love", có baby ). NHƯNG có một sự kiện bất ngờ đã xảy đến với họ, khiến cuộc đời 2 người thay đổi vĩnh viễn