Phần 2 bắt đầu bằng việc CBI điều tra về cái chết của một người phụ nữ sau khi bị buộc tội ăn cắp 1 triệu đô la từ người chủ của mình. Trong khi đó, Lisbon và Patrick phải bàn giao lại vụ án Red John cho đặc vụ Sam Bosco.
Mulder mất tích và được cho rằng đã chết nhưng với bản năng của mình, Scully tin rằng Mulder vẫn sống ở một nơi nào đó khác. Tuy phải hy sinh bản thân mình để kết nối với những điều kỳ lạ, nhưng họ biết mình đang tiến những bước mới trong việc tìm hiểu những điều chưa ai biết.
Hạ Viễn là một ngôi sao đang lên trong làng cảnh sát. Anh nổi tiếng là người có kỹ năng logic và khoa học vượt bậc. Đóng vai trò then chốt trong lực lượng cảnh sát chống tội phạm mới thành lập, Hạ Viễn nghi ngờ tập đoàn kinh tế của Vương Bá Lâm có liên quan đến tội phạm quốc tế…
cuộc phỏng vấn và phân tích cập nhật về bằng chứng làm sáng tỏ vụ án mạng năm 1992 của ba cô gái ở Tây Ban Nha và tác động rất lớn của họ đối với quốc gia.
chuyện về vụ thảm án diệt môn khiến cho Quan Hồng Vũ tiêu dao, phóng đãng bỗng chốc trở thành một tên tội phạm bỏ trốn, đang bị truy nã. Người anh trai song sinh Quan Hồng Phong thân là đội trưởng đội hình cảnh thề sẽ điều tra ra chân tướng, nhưng do nguyên tắc người thân phải rút khỏi công cuộc điều tra, đội cảnh sát ngăn cấm Quan Hồng Phong tham gia vào công cuộc điều tra vụ án diệt môn này.