câu chuyện của Shinpei Ajiro, một cậu bé có cha mẹ qua đời khi cậu còn rất nhỏ và sau đó được nuôi dưỡng bởi hai chị em Mio và Ushio. Ajiro, bây giờ là một thanh niên, trở về quê hương bên bờ biển của mình sau khi biết rằng Ushio đã chết đuối trong một tai nạn thảm khốc.
Miko là một học sinh cao trung điển hình có cuộc sống đảo lộn khi cô đột nhiên bắt đầu nhìn thấy những con quái vật ghê rợn và gớm ghiếc. Mặc dù hoàn toàn vô cùng sợ hãi, Miko vẫn tiếp tục cuộc sống hàng ngày của mình, giả vờ không để ý đến nỗi kinh hoàng đang bao quanh cô.
Tiếp theo SS 1, câu chuyện xoay quanh cuộc đời của Tomoya và Nagisa sau khi 2 người tốt nghiệp THPT. Từ lúc Tomoya bày tỏ tình cảm của mình với Nagisa, 2 người càng lúc càng gắn bó khăng khít hơn với nhau (Có kết hôn, có "make love", có baby ). NHƯNG có một sự kiện bất ngờ đã xảy đến với họ, khiến cuộc đời 2 người thay đổi vĩnh viễn
Thành Vatican - Đất Thánh của người Công giáo. Nơi đấy có một tổ chức tiến hành các cuộc điều tra nghiêm ngặt về "Những Điều kì bí về phép lạ" khắp nơi trên thế giới đều xác nhận là có thật.
Nhân viên cửa hàng sách nhút nhát Kosuke Mikado có khả năng nhìn thấy ma và linh hồn, một khả năng mà anh ta ước gì anh ta không có, vì những gì anh ta nhìn thấy thường khiến anh ta kinh hãi. Rihito Hiyakawa, một nhà trừ tà có sức mạnh siêu nhiên cũng như sức mạnh xã hội của anh ta yếu đi, dường như không sợ bất cứ điều gì, dù là sinh tử hay khác