Bầu trời mùa hè trong vắt trải rộng khắp trường trung học nữ sinh Hoshinomiya. Câu chuyện này bắt đầu cuộc sống học sinh của Hinako Shirai, người vừa mới hồi phục sau một vết thương ở chân do một tai nạn. Hai chị em phép thuật Yuzu và Lime đã ban cho cô một sức mạnh đặc biệt để trở thành một "Người phản chiếu".
Kamisaka Haruhi là một trong những học sinh giỏi nhất của trường phép thuật. Cô nàng muốn trở thành phù thủy vì hồi còn nhỏ cô đã được một cậu bé dùng phép thuật cứu thoát khỏi đám con trai đang chọc ghẹo mình. Bên cạnh cô còn có Hiiragi Anri, bạn thân và cũng là đối thủ.
Hằng năm, hoa anh đào nở rộ khắp hòn đảo Hatsunejima luôn ban điều ước của mọi người thành sự thật, đó là 1 điều bí ẩn mà vẫn chưa ai giải thích được Asakura Jun’ichi, người có khả năng nhìn thấy mọi giấc mơ của người khác khi đang ngủ, ngoài ra còn có khả năng tạo bánh ngọt loại nhỏ do bà của anh truyền lại. Rồi 1 ngày nọ, Jun’ichi thấy 1 cô gái, người bạn ấu thơ của anh, xuất hiện đứng kế bên cây hoa anh đào lớn nhất trong giấc mơ của mình. Tuy nhiên, trước khi Jun’ichi kịp khám phá người đó
Fuyuki City—a city surrounded by the ocean and the mountains becomes the setting for an age-old ritual. To realize the mythical Holy Grail, which is said to grant any wish from its possessor, seven masters are given seven heroic spirits chosen by the Grail. These heroic spirits or servants are: Saber, Lancer, Archer, Rider, Caster, Assassin, Berserker.
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.