Thế giới sẽ như thế nào nếu 80% dân số bộc phát những năng lực đặc biệt từ lúc 4 tuổi? Anh hùng và tội phạm sẽ đối đầu với nhau không ngừng nghỉ. Làm anh hùng đồng nghĩa với việc học cách sử dụng năng lực của mình, nhưng ta sẽ học ở đâu?
Trong cốt truyện gốc của game, một idol ảo sử dụng những bài hát mà người dùng nhập vào đã có được nhận thức qua sự ảnh hưởng của cảm xúc và sự bất mãn với hiện thực của người dùng. Mong muốn cứu lấy loài người - cô tin rằng họ luôn đau khổ - cô sử dụng những bài hát để dụ mọi người vào thế giới ảo có tên là Mobius
Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu
Vào năm 1973, cuộc xâm lược ngoài hành tinh của đội quân BETA đã đưa nền văn minh của loài người đến bờ vực của sự diệt vong.Để đối phó với lực lượng hùng hậu của kẻ địch, loài người đã tạo ra một loại vũ khí khổng lồ mang dáng dấp con người, có tên gọi là Tactical Surface Fighters (TSF) và triển khai tuyến phòng thủ trên toàn thế giới. Vào năm 2001, Đế quốc Nhật Bản phải đối mặt với những khó khăn trong việc phát triển các TSF thế hệ mới, vì phần lớn các TSF đang phòng thủ cho tiền tuyến vùng
Pastry Mille Morteln, 9 tuổi, mong muốn trở thành một thợ làm bánh chuyên nghiệp. Cậu có ước mơ về một vùng đất có đầy đủ các loại bánh thơm ngon, ngọt ngào. Nhưng trước đó, cậu còn rất nhiều việc phải làm! Từ việc học cách chiến đấu, đến việc điều khiển phép thuật cố gắng hết sức để bảo vệ ngôi làng của mình khỏi bọn cướp.