Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
cuộc sống của anh chàng Hideki Motosuwa, một anh chàng trượt đại học và đang học luyện thi tại Seki ở Tokyo. Vốn là một chàng trai thật thà và khiêm tốn lớn lên ở nông trang, anh có rất ít kinh nghiệm với phụ nữ. Bên cạnh một người bạn gái thì điều mà anh ta mong muốn đã lâu chính là có được một persocom. Persocom là từ chỉ chung những người máy mang hình dáng con người được sử dụng như thông thường như một loại máy tính cá nhân.
Film được chuyển thể từ side-story manga cùng tên của Motoi Fuyukawa, là 1 spin-off từ light novel gốc To Aru Majutsu no Index của Kazuma Kamachi.
Câu chuyện lần này sẽ theo chân một cậu trai trẻ từ Hawaii, Rio Hojo. Cậu bị kéo vào thế giới metaverse này và bắt đầu học “nghệ thuật” ráp Gunpla cũng như sử dụng chúng để chiến đấu và cuối cùng tham gia vào giải đấu Gunpla toàn thế giới.
Trong tương lai không xa, một thể tồn tại bất tử, vô giới tính mới tên là Gem, bắt đầu sinh ra trên Trái Đất. 28 Gem phải chiến đấu với Moon Dweller (Những người sống trên mặt trăng), những kẻ địch thường bắt cóc họ và biến nhwungx Gem thành đồ trang sức.