Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Năm 4699, những con tàu trôi dạt trong không gian được gọi là cá voi. Công Ty Săn Bắt Cá Voi Ahab là công ty được dẫn dắt bởi thợ săn cá voi nổi tiếng Ahab. Một hôm, có một đứa trẻ tên Lucky đến gặp Ahab, nhờ ông ấy giải cứu Mohd, hành tinh quê hương của cậu đang gặp nguy hiểm.
Ginta, một học sinh yếu kém thích chơi điện tử sống trên Trái Đất với người mẹ của mình, một nhà văn nghiện rượu và thuốc lá nặng, đã thấy giấc mơ của cậu thành sự thật khi tự mình khám phá ra một thế giới khác, nơi cậu có thể trở thành một người hoàn toàn khác. Đó chính là MÄR Heaven
500 năm trước, tại một vùng đất màu mỡ, lãnh chúa Karasumori đã mang trong mình một sức mạnh kỳ bí mà chính ông cũng không hề biết được, chính nguồn sức mạnh đó đã muốn hút những con yêu quái đến, làm cuộc sống của người dân trong thành không khi nào được yên ổn. Họ đã mời một vị pháp sư đến để diệt trừ, pháp sư Hazama Tokimori sư tổ hệ phái Hazama. Lượng yêu quái đến càng nhiều thì chính ông cũng không thể ngăn chặn lại,rồi ông lâm bệnh nặng. Và một ngày tất cả người dân trong thành đều mất
Cha mẹ cô bé Chizuko Mikamo chết sớm, để lại cho cô gia sản kếch xù. Vì thế, bà cô độc ác hằng ngày đầu độc cô bé, với hi vọng cô sẽ từ từ lâm bệnh mà chết, để bà ta một tay hốt hết tất cả. Thế nhưng, một ngày nọ, siêu trộm lừng danh, biệt hiệu Kaijin Nijuu Mensou (Quái nhân 20 bộ mặt) đến viếng dinh thự nhà Mikamo, tuyên bố sẽ lấy cắp thứ đáng giá nhất trong nhà này, và đó chính là Chizuko. Từ đó, cô bé bước chân vào một chuỗi những cuộc phiêu lưu thú vị mà trước đó, cô chỉ dám mơ ước tới mà