Mở đầu câu chuyện, Takemichi 26 tuổi, là một cậu thanh niên thất nghiệp, sống tại Tokyo nhận được tin cô bạn gái duy nhất của mình từ hồi sơ trung – Hinata qua đời trong một vụ ẩu đả giữa các băng nhóm tội phạm. Trong khoảnh khắc khi Takemichi bị đẩy xuống đường ray xe lửa, cậu đã vượt thời gian quay trở về thời còn học sơ trung.
Câu chuyện bắt đầu với nhân vật chính là Mayumi Doujima, một học sinh trung cấp hay gặp rắc rối ở Học viện Yubiwa. Mayumi đã vô tình gặp gỡ và kết bạn với “Trinh thám xinh trai”, năm chàng trai cực đẹp, quá đẹp nhưng lập dị và được đồn đại là chuyên gia giải quyết các câu chuyện bí ẩn tại trường thông qua một CLB phi lợi nhuận.
Hai mươi năm trước, một tiểu hành tinh trên đường tiến đến Trái đất đã phá hủy Sao Diêm Vương, khiến các tiểu hành tinh trong quỹ đạo Sao Diêm Vương (gọi là Thanatos) tạm thời trì trệ.
Hidan no Aria lấy bối cảnh là trường trung học Tokyo Butei, nơi đào tạo ra những thám tử được vũ trang Butei.Nhân vật chính Tohyama Kinji, sở hữu một thể trạng đặc biệt, có khả năng khởi động super mode khi bị kích thích. Anh ta cố gắng che giấu chuyện này để sống một cuộc sống bình thường, nhưng đời nó lại không được êm ả như thế sau khi anh trở thành nạn nhân của một cuộc đánh bom và gặp Aria H.Kanzaki
Kano Kyosuke đã từng sống dưới bóng của Seisuke, người anh trai thành công của cậu ấy, trong bóng đá. Chán nản cậu trở về Nhật bản và lèm quen với những người bạn mới, rồi dần tìm lại được niềm vui trong bóng đá.