Đây là phiên bản làm lại từ phim chiếu rạp cùng tên gồm 7 tập phim. Nội dung tập đầu tiên không có trong nguyên tác, kể về câu chuyện dẫn dắt vào vụ án mất tích người trên đoàn tàu Vô Tận và 6 tập còn lại sẽ bao quát toàn bộ nội dung phim chiếu rạp cùng tên kèm theo 70 phân cảnh và nhạc nền mới.
Câu chuyện của anime diễn ra tại một thị trấn nông thôn bí ẩn, nơi xảy ra những sự kiện kỳ lạ. Shizuru Chikura, một cô gái trẻ, đang tìm kiếm người bạn mất tích của mình.
N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N. Achroma: Nhà khoa học của đội Plasma, đang tiến hành cuộc thí nghiệm trên Pokemon để hoàn thành chiếc máy kiểm soát pokemon Đội Hỏa Tiễn: Tổ chức xấu xa với tham vọng xâm chiếm thế giới.Ở vùng Isshu thì họ đã tái
Sau khi mất một chân và trở về quê, anh đem khả năng và kiến thức khi còn là một mạo hiểm giả cho các công việc ở làng. Và rồi anh nhặt được một đứa bé bị bỏ rơi trong núi khi đang hái lượm thuốc. Đó là khi anh vẫn còn độc thân.
Vào năm thứ ba dưới triều đại của Hoàng đế Shizong, thế giới hỗn loạn và người dân rất khó kiếm sống. Chính quyền hoàng gia trung ương sụp đổ, gây ra sự phân chia các khu vực và thành lập các nhóm quyền lực độc lập. Các giáo phái và nhóm ma quỷ hoạt động bí mật và các băng nhóm khác nhau chiến đấu với nhau.