Câu chuyện xảy ra vào năm 1924 tại Vương quốc Saubure ở Châu Âu. Kujo Kazuya là em thứ 3 của một Quân nhân người Nhật, chuyển đến học ở Học viện Thánh Maguerite, nơi những chuyện kì bí xảy ra như cơm bữa. Tại đây cậu gặp Victorique (ngậm tẩu nhìn chẳng khác Sherlock Holmes), thông minh xinh đẹp. Và Kazuya cùng Victorique bắt đầu khám phá ra những bí ẩn mà các thám tử phải chịu thua.
Dựa trên game nhập vai sản xuất bởi Leaf Arawn, một Quỷ vương bị phong ấn hơn 1000 được hồi sinh bằng việc hiến tế Rhiannon, hậu duệ vua Elf, và anh trai của Rhiannon, Authur, đến để cứu cô và mọi chuyện bắt đầu từ đây.
Cùng với Madara, một Ayakashi hùng mạnh dưới hình dạng một chú mèo mập, Natsume lại trải qua những ngày tháng đầy rắc rối của mình. Nhưng mỗi một yêu quái cậu gặp là mỗi một cảnh đời, mỗi một niềm vui nỗi buồn khác nhau. Giúp đỡ hay phản bội, chia ly hay hội ngộ, tất cả đều trải qua rất nhanh khiến Natsume càng cảm thấy sợ sự cô đơn, nhưng Madara đã nói “Cuộc sống của con người ngắn ngủi đến đáng sợ, nhưng ta sẽ cùng cậu trải qua sự ngắn ngủi ấy”
Dưới cơn mưa rào, trong từng vạt nắng trưa rọi qua tán lá xanh, tiếng ve sầu râm rang, chòm pháo kim ngư lấp lánh. Hương mùa hạ bao trùm lấy tất cả, một bối cảnh thật êm đềm nơi vùng quê hẻo lánh. Câu chuyện xoay quanh cậu bé mang tên Natsume. Natsume có một bí mật mà cậu giữ kín từ lâu: cậu có khả năng thấy được những hồn ma. Trong một lần tình cờ tìm được Hữu Nhân Sổ (quyển sổ có thể sai khiến yêu quái) do bà cậu để lại, Natsume đã biết được lý do tại sao các yêu quái luôn đuổi theo mình.
Natsume có một bí mật mà cậu giữ kín từ lâu: cậu có khả năng thấy được những hồn ma. Trong một lần tình cờ tìm được Hữu Nhân Sổ (quyển sổ có thể sai khiến yêu quái) do bà cậu để lại, Natsume đã biết được lý do tại sao các yêu quái luôn đuổi theo mình. Cùng với Madara, một Ayakashi hùng mạnh dưới hình dạng một chú mèo mập, Natsume đã trải qua những tháng ngày đầy rắc rối những mong có thể trả lại hết tên cho các yêu quái để chúng không còn quấy rầy cậu nữa. Nhẹ nhàng và đầy ý nghĩa, từng câu