The Lost Ones là những người lang thang đến đây từ một thế giới xa xôi được gọi là “Nhật Bản”. Không ai biết bằng cách nào hoặc tại sao họ rời khỏi nơi quê nhà của họ. Điều chắc chắn duy nhất là chúng mang lại tai họa và tai họa. Nhiệm vụ tiêu diệt chúng thuộc về Menou, một Executioner trẻ tuổi. Khi cô ấy gặp Akari, có vẻ như chỉ là một công việc khác
Mất đi trí nhớ của mình sau khi chuyển sinh, tấm màn trong câu chuyện của Kelvin trong thế giới mới được hé mở.
Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
Hiro có thể nhìn thấy Digimon sau khi kích hoạt một "Digivice" mà cha anh đã để lại cho anh. Cùng với Digimon Gammamon, họ điều tra những hiện tượng bất thường xảy ra xung quanh trong cuộc sống hàng ngày của họ, và từ từ bước chân vào thế giới của Digimon.
Một cuộc đại chiến đã nổ ra trong nhiều năm giữa phe Empire và phe Nebulis, thuở là vương quốc của những nữ pháp sư- cho đến khi các hiệp sĩ trẻ tuổi nhận được danh hiệu mạnh nhất từ phe Empire để gặp gỡ công chúa của phe đối thủ