Vào lúc 10 tuổi, những người bạn thân nhất là Musashi và Kojiro đã ngồi lặng im trong phấn khích khi cha của Kojiro kể về những con quỷ độc ác săn người vô tội và những chiến binh đã đánh bại chúng. Cùng luyện tập kiếm thuật, cả hai thề sẽ trở thành người mạnh nhất trên thế giới
In a lonely corner of the world, on the edge of No Mans Land, sits Clocktower Fortress. Its home to the 1121st Platoon of the Helvetian Army, and their newest member is a 15-year-old volunteer named Kanata Sorami, who enlisted to learn how to play the bugle. When she was a child, Kanata was saved by a beautiful soldier and found inspiration in the clear, golden sound of her trumpet. From that day forward, Kanata decided music would be her life.
Sora Kuroi sống một cuộc sống yên bình mặc dù không có ký ức về quá khứ của mình. Nhưng một ngày, thành phố của anh đột nhiên bị tấn công bởi một cỗ máy khổng lồ được gọi là "Vũ khí Nebula". Cùng với Thầy giống mèo và cô gái lolita gothic Ginko, anh ta bị kéo vào cuộc chiến, nhưng anh ta kết thúc với kẻ thù của bảy anh hùng đang làm việc để bảo vệ thành phố. Lý do chiến đấu của Soya bị khóa chặt trong ký ức của anh là gì?
Câu chuyện kể về Train Heartnet, một sát thủ trứ danh với biệt danh Mèo Đen. Train Heartnet được biết đến như một kẻ khủng khiếp nhất trong giới tội phạm quốc tế, được coi là thần chết, không có kẻ nào là nạn nhân của cậu mà còn sống sót. Cậu luôn mang trong người một khẩu súng lục đen cũng có tên là thần chết (Hades - thần cai quản địa ngục), được kí hiệu XIII (thành viên thứ XIII của tổ chức Chronos). Để chứng tỏ điều đó, cậu đã xăm dấu XIII nơi gần cổ của mình (kí hiệu ấy giống như khẩu súng
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".