Một kẻ thù bí ẩn từ không gian gọi là "Dark Spinner" xuất hiện và chúng theo sau Năng lượng Trái đất, được tạo ra bởi các vòng quay của trái đất. Những người đứng lên ngăn chặn họ là hai anh em sinh đôi, Raiga và Kuga, cùng với đội bảo vệ trái đất Earth Granner. Nhưng liệu họ có thể bảo vệ trái đất?
có nhân vật chính mới là Light Tenryu và câu chuyện của nó lấy bối cảnh tại trường Cao đẳng Shadovar, một cơ sở đào tạo những người chơi chuyên nghiệp của trò chơi Shadowverse. Tenryu Light, một học sinh chuyển trường, quyết định tham gia "Seventh Flame", một trong bảy câu lạc bộ Shadovar.
Maruo Eiichirou là một học sinh năm nhất, một ngày cậu ta thấy mình yếu môn thể dục cho nên đã tìm đến CLB Tenis và bắt đầu bị nó thu hút.
câu chuyện về Takt, một nhạc trưởng, đã hợp tác với một Musicart tên Unmei. Cậu mong muốn âm nhạc được quay trở lại thế giới, còn Unmei mong muốn phá hủy D2. Vì thế cả hai đã cùng đồng hành để có thể thực hiện mục tiêu của mỗi người.
Tập phim OVA, giải thích thêm về sự kết thúc của Eureka Seven AO. A new episode split into five parts, further explaining the end of Eureka Seven AO.