Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
Câu chuyện xoay quanh một cô bé tên là Sana, người là một trong những đứa trẻ nắm giữ sức mạnh của "Giấc mơ của Alice", một khả năng cho phép cô thực hiện bất cứ điều gì cô tưởng tượng. Sau khi thoát khỏi phòng thí nghiệm nơi cô ấy là một đối tượng thử nghiệm, Sana kết thúc trong một thế giới bình thường, nơi cô gặp một người đàn ông tên là Zouroku, nhưng anh ta sẽ giúp cô ấy chứ?
Cậu bé Takato Matsuda đã vô tình tạo ra 1 Digimon tên Guilmon sau khi quét 1 tấm bluecard bí ẩn vào thiết bị quét bài cầm tay sau đó thiết bị tự biến đổi thành D-Arc, một phiên bản của Digivice. Mọi chuyện bắt đầu khi các con thú từ thể giới ảo xâp nhập vào thế giới thực, khi đó Takato nhận ra rằng Digimon là có thật và không phải chỉ có mình cậu đang sở hữu một Digimon. Cùng với hai người đồng đội Ruki Matsuno và Lee Jenrya, Takato bắt đầu chuyến phiêu lưu tìm hiểu nguồn gốc của sự việc, đồng
Thanh niên Satou Mikami hưởng dương 37 năm, chuyển sinh trở thành slime và xây dựng một đế chế mới cùng với những người bạn quái vật của mình.
Vào năm 2045, sau một thảm họa kinh tế được gọi là Mặc định toàn cầu được đồng bộ hóa, sự phát triển nhanh chóng trong AI đã thúc đẩy thế giới bước vào trạng thái của Cuộc chiến bền vững. Tuy nhiên, công chúng không nhận thức được mối đe dọa mà AI có đối với loài người.