Câu chuyện diễn ra trong một thế giới mà nơi các nàng tiên sở hữu và trú ngụ trong các loài động vật, mang đến cho chúng những khả năng bí ẩn. Bằng cách loại bỏ nội tạng của con vật bị chiếm hữu và cấy chúng vào người, các nàng tiên có thể được triệu tập như một bản ngã đã thay đổi và được sử dụng làm vũ khí. Những nàng tiên trở thành công cụ của chiến tranh được gọi là "Chiến binh cổ tích.
Tại thị trấn Goldcrown, ở một nơi chắc là giáp với miền Đông nước Pháp, miền Tây nước Đức, có một chú vịt con nhờ một phép màu mà trở thành một nàng công chúa. Nàng công chúa đang trong hành trình đi kiếm những mảnh trái tim thất lạc cho hoàng tử... Liệu cuối cùng nàng vịt con sẽ có kết thúc có hậu? Nhận được tình yêu của vị hoàng tử đó không?
Haidang và Xia Fan, vốn là con người, có được năng lượng ma thuật mà họ mơ ước vì một cơ hội tình cờ. Được sự đồng ý của nàng tiên ma thuật Chia, anh trở thành một nàng tiên ma thuật nhỏ và cùng với Shiya bảo vệ thế giới loài người và đại dương ma thuật.
Một phù thủy tên là Elaina trên đường đi chu du khắp thiên hạ phiêu lưu. In a certain place, there was a traveler witch. Her name was Elaina.
Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.