Sau khi kết thúc giải đấu mùa thu, đội bóng chày của trường trung học Seidou chiến đấu với những gương mặt mới và cũ khi họ bắt đầu giải đấu tại Koshien.
Vào lần sinh nhật thứ 16, Tomokazu Mikuri đã mơ một giấc mơ kì lạ. Trong giấc mơ đó anh gặp 1 cô gái tên là Mone (Em ý chỉ biết nói có mỗi “Mone, mone”, nên mọi ng` gọi nhỏ là Mone luôn! Trông nhỏ khá là moe !) đang chiến đấu với một vật thể kì quái. Và ngạc nhiên hơn là lúc tỉnh dậy, cô gái đó lại đang nằm bên cạnh anh
được phỏng theo một truyền thuyết cổ xưa, thịt cá có thể cấp bất tử nếu ăn phải. 500 năm trước, Yuta vô tình ăn một miếng thịt cá của. Trong nhiều thế kỷ, ông đi khắp Nhật Bản, hy vọng tìm được một nàng tiên cá, nghĩ cô có thể làm cho anh ta một con người bình thường trở lại
Ở tương lai, khối liên minh loài người tại dải ngân hà vẫn đang phải liên tục chiến đấu để chống lại một thứ gọi là “Hideous”. Trong lúc cuộc chiến đang diễn ra cao trào thì Redo, một trung úy trẻ và vũ khí di động hình người của mình đã bị hút vào một lổ hổng không gian.
Tiếp nối serie về Digimon Xros Wars, câu chuyện lần này vẫn về Kudou Taiki và các nhân vật mới. Câu chuyện lần này sẽ xoay quanh 1 bí mật ở Thế giới tồn tại giữa thế giới con người và thế giới số, nhân vật chính là Akashi Tagiru