Lấy bối cảnh thế giới nơi nhân loại mất quyền kiểm soát đại dương vào tay "hạm đội biển sâu", hi vọng duy nhất chống lại hiểm họa này là những Kanmusu, một nhóm những cô gái mang trong mình linh hồn chiến hạm Nhật Bản.
Thời gian là tương lai, dưới sự tấn công bất ngờ của dạng sống máy móc "Weiß", con người buộc phải thoát khỏi trái đất và tiến vào vũ trụ. Trong thời gian chạy trốn, Space Fleet SHARD đã phát triển thành công Alice Gear, một bộ giáp có thể cho phép con người chiến đấu chống lại Weiß, và gọi những người phụ nữ xuất sắc phù hợp để vận hành họ là Actress.
Câu chuyện xoay quanh một chú rồng không sống theo những tiêu chuẩn được đặt ra cho mình nên gia đình đã đuổi cậu ta đi. Cậu bắt tay vào công cuộc tìm kiếm một ngôi nhà mới. Tuy nhiên, không lâu sau, cậu nhận ra rằng cuộc sống lang thang bụi đời không đúng với một quái thú trong huyền thoại
Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Câu chuyện kể về hai cô gái Escha và Chron, hai người có tính cách tương phản giống như mặt trời và mặt trăng. Hai cô gái đến từ Terminal, một thế giới hậu khải huyền trong tương lai trống rỗng và đơn sắc. Hai cô gái băng qua thế giới và đến ngày nay, họ gọi là Transit