Một thiên tài vật lý với ước mơ chế tạo Cánh cửa thần kỳ của Doraemon... nay đã trở thành một NEET!? Và giờ đây anh phải trở thành giáo viên trung học theo lệnh của tiểu muội mình!? Không những thế còn vào cái trường toàn học sinh có vấn đề!? Rồi cái mạng anh liệu có được bảo toàn trước đám học sinh tinh nghịch... hay chính anh sẽ là người cải tạo bọn chúng!?
Câu chuyện tiếp nối ngay sau kết thúc phần một. Harima sau khi trở về Nhật, vẫn tiếp tục thích Tenma nhưng nỗ lực bày tỏ tình cảm của cậu ta đều dẫn đến nhiều tình huống dở khóc dở cười. Lễ hội văn hóa gần kề và có những tin đồn quanh mối quan hệ giữa Harima và Yakumo. Câu chuyện cứ thế tiếp diễn xoay mòng mòng giữa các nhân vật quen thuộc của phần trước với những tình huống đầy hài hước và không kém phần ý nghĩa.
Từ lâu Yuu đã luôn yêu thích những manga shoujo và mong một ngày nào đó sẽ nhận được một lời tỏ tình khiến trái tim cô xao xuyến thẹn thùng. Ấy vậy mà khi được một chàng trai ở trường trung học tỏ tình… cô lại chẳng cảm thấy gì cả. Bối rối và thất vọng, Yuu bước vào cuộc sống cao trung mà vẫn không biết phải đáp lại thế nào.
Phía Tây của Tokyo, nơi được gọi là thành phố học viện vì 80% trong tổng số 2,3 triệu dân ở đây là học sinh. Những học sinh ở đây phải trải qua chương trình học đặc biệt để phát triển sức mạnh tâm linh. Tùy theo năng lực, người ta nhóm các học sinh này thành 6 mức độ, từ mức 0 (không có năng lực) đến mức 5 (siêu năng lực) Kamijou Touma là một học sinh tuy bị xếp mức 0 nhưng lại sở hữu "Imagine Breaker" có thể hóa giải được bất kì loại sức mạnh nào. Ở phần 1, anh đã cứu Index khỏi các ma thuật
Câu chuyện xoay quanh cô bé Suzumiya Haruhi, học sinh mới nhập trường, với lời tuyên bố trước lớp: “Tôi không thích người bình thường. Nếu các người là người ngoài hành tinh (Allien), người tới từ tương lai, hoặc siêu nhân, thì hãy nghĩ đến chuyện làm bạn với tôi.