Keisuke là một học sinh lớp năm không tin vào ma, UFO, hoặc thậm chí yêu quái. Gần đây, anh đã nhận thấy rằng Natsume đã về nhà trễ, và một ngày quyết định kết hôn với cô. Khi anh phát hiện ra rằng Natsume đi đến một cơ quan thám tử youkai, Natsume buộc phải liên quan đến Keisuke trong các hoạt động của cô.
Câu chuyện xoay quanh nhân vật chính là Lord El-Melloi II, chính là Waver Velvet trong Fate/Zero đã trưởng thành và là người kế vị của Kayneth, cùng với người học việc của Lord El-Melloi II là Gray. Câu chuyện diễn ra tại Clock Tower – Trụ sở của hiệp hội Pháp Sư tại Anh. Tại đó, Lord El-Melloi II và Gray đã giải được nhiều vụ án bí ẩn của vùng đất phép thuật quanh hiệp hội Pháp Sư.
Người ta nói rằng 70% khả năng bộ não con người đã không sử dụng. Nếu con người có sức mạnh khủng khiếp, nó được cho là ngủ yên trong khu vực này. 70% khả năng của bộ não không được sử dụng, được gọi là “Head Night”.
Một trang web chỉ xuất hiện vào đúng 12h đêm. Khi bạn điền tên kẻ thù của mình vào trang web ấy, Enma Ai - Jigoku Shoujo (Thiếu nữ đến từ địa ngục) sẽ xuất hiện. Cô và những người trợ thủ của cô sẽ kéo kẻ thù của bạn xuống Địa Ngục. Nhưng đổi lại, nếu chọn trả thù bằng cách này, bạn cũng sẽ phải trả giá...
Ở tầng dưới cùng của tòa nhà trong khu mua sắm, có một quán ăn tự phục vụ gọi là "Youshoku no Nekoya" có hình minh họa một con mèo ở cửa. Nó đã được mở hơn năm mươi năm và đã làm hài lòng rất nhiều khác. Mặc dù nó được gọi là quán cà phê phương Tây, nhưng nó cũng cung cấp các loại thực đơn khác. Đối với người dân của thế giới này, đó là quán ăn đặc biệt duy nhất của họ