Learning to ride and tame dragons comes easy to most students at Ansarivan Dragonar Academy—except for first-year student Ash Blake, who is known by his fellow classmates as the "number one problem child." Poor Ash is the laughing stock at school because, despite his unfashionably large star-shaped brand that marks him as a future dragon master, he has nothing to show for it. His dragon has never appeared.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Bối cảnh câu chuyện vào năm 331 theo Lịch Quỹ Đạo, khi con người du canh du cư trên các Colony trong vũ trụ. Một cô gái tên Akiha Shishidou đã gặp phải một trí thông minh nhân tạo trong một Colony tên là Leopard.Cùng với Akiha còn có một cảnh sát liên Thuộc địa tên Itsuki Kannagi, một cô gái trầm lặng tên Honoka Kawai, và imo-chan một robot của nhà Shishidou.
Liên đoàn điều tra Birdy đuổi theo nhà không gian hình sự Geega qua không gian đến Trái Đất, nơi ông giấu trong ngành công nghiệp giải trí giả dạng con người. Birdy giả dạng làm mô hình "Arita Shion" thường sử dụng một cô gái không gian. Một học sinh nam, Senkawa, tình cờ gặp phải một cuộc chiến giữa hai nhóm trong một tòa nhà bỏ hoang và mọi thứ xảy ra như nào mời bạn đón xem
Quenser đến căn cứ quân sự Alaska để nghiên cứu các đối tượng, các loại vũ khí mới dùng trong chiến tranh cách mạng, trận đánh được chiến đấu của các lính kiểm soát các đối tượng xa lạ; Tuy nhiên, khi ông bắt đầu để có được gần gũi với đối tượng thí điểm Milinda, anh sẽ khám phá ra sự thật nghiệt ngã phía sau đối tượng?