The year is 2025. Five years have passed since the Tokyo Olympic Games were called off after deadly terrorist attacks. An international school run by the United Nations now stands in the former Olympic site on the edge of Tokyo Bay. Seven teenagers with special abilities, known as “Flowers,” are among the students.
Anime nói về Kat “Gravity Queen” cùng Raven và Syd. Liêu họ có thể tìm ra manh mối về kẻ thù đáng sợ để làm sáng tỏ kết cấu của vạn vật?
Trong một ngôi làng nhỏ dưới lòng đất, nơi mà các thông đạo và đường hầm ở khắp mọi nơi. Ngay cả với không gian sống chật hẹp và tối tăm như vậy, người dân ở đây vẫn sống rất vui vẻ. Patema, cô công chúa nhỏ của ngôi làng dưới lòng đất có sở thích khám phá các đường hầm. Nơi ưa thích của cô là "vùng nguy hiểm" nơi đã có lệnh cấm vào (dù chẳng ai biết tại sao).
Các bộ phim sẽ kể câu chuyện về hiện tượng được gọi là "Mùa Hè Đầu Tiên của Tình Yêu" diễn ra mười năm trước anime Eureka Seven, nhưng chưa bao giờ được mô tả đầy đủ. Sau đó phim sẽ theo cốt truyện chính của anime truyền hình đầu tiên và chứa các cuộc đối thoại và cảnh quay mới, đoạn phim được chỉnh sửa, cũng như một kết thúc mới không có trong bộ phim gốc.
Trong tương lai, Utopia cuối cùng cũng đạt được trình độ thượng thừa về y tế, khoa học và kĩ thuật. Đây là một thế giới đáng mơ ước khi mọi người không còn phải lo lắng về sức khỏe hay bệnh tật nữa vì đã có WatchMe và Mediacare. Nhưng chẳng có thế giới nào là hoàn hảo cả. Vì quá hòa bình nên các cô gái của chúng ta đâm ra chán và muốn phá cho vui.