Câu chuyện của trò chơi kết hợp nhiều cách chơi khác nhau, vì vậy người chơi phải chơi nhiều lần để tìm hiểu chuyện gì đã xảy ra và nhìn nó từ các quan điểm khác nhau. Do đó, Nó khám phá các khái niệm triết học nghiêm túc và thúc giục người chơi suy ngẫm về vị trí của họ.
Trước tình hình những nguồn năng lượng lỗi thời đã trở nên cạn kiệt, nhân loại đã tìm ra một nguồn năng lượng mới để thay thế: một hệ thống năng lượng mặt trời với ba thang máy quỹ đạo. Tuy nhiên chỉ một vài nước lớn và đồng minh của họ hưởng lợi ích từ hệ thống này Ba siêu cường quốc sở hữu ba thang máy quỹ đạo: The Union đặt cơ sở ở Hoa Kỳ; Human Reform League gồm trung Quốc, Nga và Ấn Độ; cuối cùng là Châu Âu AEU. Những siêu cường quốc này tiếp tục cạnh tranh với nhau về giá trị và sự phát
Phần 4 của bộ phim. Sau hơn 150 năm rơi vào bế tắc giữ hai siêu cường liên sao, Đế Quốc Ngân Hà và Liên Minh Các Tiểu Hành Tinh Tự Do, một thế hệ lãnh đạo mới đã xuất hiện: Thiên tài quân sự Reinhard von Lohengramm của phe Đế Quốc, và nhà sử học của phe Liên Minh, Yang Wen-li.
Hibino Kafka một thanh niên vốn bất mãn với việc làm tại công ty vệ sinh chịu trách nhiệm xử lí xác kaiju.
Một phần bộ phim kể về cậu bé Ayumu bỗng dưng gặp những điều lạ lùng trong kì nghỉ hè của mình tại ngôi làng Tana dân dã – nơi mà lúc nhỏ Ayumu đã từng sống. Tại đây, cậu bé đã gặp một cô gái tên Miku, một người khá là bí ẩn và có vẻ biết rất nhiều điều