Được thiết lập vào thời điểm chiến sự, bối cảnh ở Tây Âu. Eleonora Viltaria, một trong 7 Vanadis của Zhcted, dẫn dắt cuộc chiến chinh phục Brune. Có 7 Vanadis được đặt tên như vậy là vị họ nhận được một vũ khí mạnh mẽ từ loài rồng, mỗi người họ nắm giữ một vùng lãnh thổ, họ gieo rắc nỗi sợ cho những quốc gia thù địch.
Sau khi Wataru giải phóng toàn bộ 7 tầng núi thì cuộc sống đã trở lại yên bình. Nào ngờ thế lực hắc ám lại tiếp tục quay tay khiến cuộc sống bị đảo lộn. Một lần nữa, Wataru lại phải lên đường để chống lại thế lực hắc ám.
Trill, một hải quân bí ẩn được cho là có nguồn gốc từ thế giới Beyondard, được phát hiện. Và những kẻ thù kiểu quái thú mới, Zoanoroids, muốn anh ta có sức mạnh đặc biệt. Netto Hikari và Rockman phải bảo vệ người bạn mới của họ trong khi họ cố gắng tìm hiểu Trill thực sự là gì và mối liên hệ của anh ta với hai quái thú mạng huyền thoại, Grega và Faltzer.
N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N. Achroma: Nhà khoa học của đội Plasma, đang tiến hành cuộc thí nghiệm trên Pokemon để hoàn thành chiếc máy kiểm soát pokemon Đội Hỏa Tiễn: Tổ chức xấu xa với tham vọng xâm chiếm thế giới.Ở vùng Isshu thì họ đã tái
Sau khi thoát khỏi nhà tù, hình sự Michiko giải cứu một cô gái bị lạm dụng được gọi là Hatchin. Hai là về như đối diện khi họ đến, nhưng số phận của họ trở nên gắn bó với nhau thông qua các kết nối của một người đàn ông từ cả quá khứ của họ. Trên đường chạy trốn khỏi cảnh sát và cha mẹ nuôi ngược đãi Hatchin của, bộ đôi này không đặt ra để tìm người đàn ông này và cuối cùng phát hiện ra sự tự do của họ