Là TV Series đầu tiên sau hơn 25 năm kể từ bản gốc. Câu chuyện xoay quanh cuộc Thánh Chiến của Nữ Thần Athena với các thế lực bóng tối vì nền hòa bình của nhân loại. Nhân vật chính trong Omega là Đồng Thánh Pegasus Kouga, đệ tử của Kim thánh huyền thoại Seiya trong phiên bản gốc.
Cốt truyện xoay quanh cậu học sinh Aono Tsukune học kém, thi trượt cấp III. Bỗng nhiên một ngày đẹp trời bố cậu "may mắn" nhặt được một lá đơn nhập học và cậu đã đến học tại Học viện Youkai. Thật không may đây lại là trường học dành cho yêu quái. Ngay ngày đầu đến trường Tsukune đã gặp và có cảm tình với một cô gái xinh đẹp tên là Moka - một nữ Vampire. Cuộc đời và số phận Tsukune chuyển qua một bước ngoặt mới. Thay vì tìm cách thoát khỏi ngôi trường đáng sợ, Tsukune quyết định ở lại theo học
Câu chuyện bắt đầu khi nhân vật chính Hikaru gặp người ngoài hành tinh Lala, Prunce và Fuwa khi ngắm bầu trời đêm. Cô biết đến Cung điện ngôi sao, nơi Công chúa 12 ngôi sao của các chòm sao giữ được sự cân bằng của vũ trụ cho đến khi họ bị tấn công. Lala đang tìm kiếm các chiến binh Precure huyền thoại để giúp tìm ra 12 Bút màu sao công chúa rải rác và hồi sinh các công chúa.
Một phù thủy tên là Elaina trên đường đi chu du khắp thiên hạ phiêu lưu. In a certain place, there was a traveler witch. Her name was Elaina.
Trong thế giới cõi âm, các thiên sứ chiến đấu cho tương lai và số phận của mình. Nhân vật chính là Yuri, người đứng đầu tổ chức Shinda Sekai Sensen (Chiến tuyến thế giới cõi âm) chống lại thánh thần, những kẻ đã gán cho cô một cuộc sống vô nghĩa. Bên cạnh đó, Tenshi, vị nữ chủ tịch hội học sinh thế giới cõi âm, cũng lãnh đạo các Thiên sứ ngăn chặn cuộc bạo động của tổ chức SSS. Một bên là các thành viên SSS được trang bị vũ khí chiến đấu tối tân, một bên là các Thiên sứ mang trong mình sức mạnh