Houtaro Ichinose và những người bạn của anh ấy tiếp tục tìm kiếm các Chemies, còn Ace Ukiyo và những người bạn của anh ấy đối đầu với Jyamato, kẻ đã xuất hiện trở lại thì đột nhiên "Chemies cấp 10 mạnh nhất"
Thiếu niên trương quân bảo (vạn tử lương đóng) vốn là một nhà sư tạp chủng của thiếu lâm tự, tuy rằng vẫn luôn khao khát luyện võ, nhưng mỗi ngày đều tiếp xúc với những công việc tạp vụ giặt giũ, nấu cơm, khiến quân bảo vẫn không có hứng gì.
Phần 3 sẽ là hành trình tìm kiếm ký ức của Makata Jin của nhóm Kaito. Bất ngờ, một cô gái tên là Reatsel cùng hội Master Brain xuất hiện nhằm cản đường họ. Cuộc chiến giữa Kaito và Reatsel diễn ra nhằm tranh giành ký ức của Jin bắt đầu.