Shu là một cậu bé Nhật Bản điển hình, có thái độ lạc quan và quyết tâm, tuy nhiên khi cậu ta thấy một cô gái bí ẩn ngồi trên ống khói, cậu bị lôi vào một thế giới mới đầy cát . Shu sớm phát hiện ra những nỗi sợ hãi tột cùng của chiến tranh, trong đó bao gồm tội diệt chủng, tra tấn tàn bạo, đói, khát, và "sản xuất con cái"
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
Thuở xa xưa trước khi loài người xuất hiện. Có một chủng loài mạnh mẽ và tàn bạo đã làm chủ Trái Đất – loài quỷ. Lũ quỷ sống để chiến đấu và giết chóc. Nhưng thời kì thống trị của loài quỷ cũng chấm dứt. Kỉ băng hà đã chôn vùi bọn quỷ.
Câu chuyện diễn ra tại trường tiểu học Heavenly Host, nơi đã bị hủy hoại nặng nề sau những vụ giết người và mất tích của một vài nhân viên và học sinh trong trường. Vào thời điểm câu chuyện bắt đầu, một trường khác là Học Viện Kisaragi đã được xây lên ở vị trí của trường tiểu học cũ. Một đêm, khi mà nhóm học sinh từ Kisaragi đang kể chuyện ma thì một trận động đất bất ngờ đã đưa tất cả đến một không gian khác, nơi mà trường tiểu học Heavenly Host vẫn còn tồn tại và đang bị ám bởi linh hồn của
Câu chuyện xảy ra vào năm 1924 tại Vương quốc Saubure ở Châu Âu. Kujo Kazuya là em thứ 3 của một Quân nhân người Nhật, chuyển đến học ở Học viện Thánh Maguerite, nơi những chuyện kì bí xảy ra như cơm bữa. Tại đây cậu gặp Victorique (ngậm tẩu nhìn chẳng khác Sherlock Holmes), thông minh xinh đẹp. Và Kazuya cùng Victorique bắt đầu khám phá ra những bí ẩn mà các thám tử phải chịu thua.