Bối cảnh của câu chuyện không phải là chiến tranh thế giới thứ 3 hay là ngày Nhật Bản tuyển bố lệnh cấm anime và manga sắp tới đây, mà về một tương lai tương đối gần, khi mà các robot bắt đầu lộng hành phỏ biến như các navi và virus trong megaman battle network.
Năm 2312 A.D. Bốn năm kể từ cuộc chiến cuối cùng của Celestial Being và Quân đội UN. Sau khi thiết lập một Tổ chức Liên Minh Toàn Cầu, một đội quân mang tên Arrows đã xuất hiện và hoạt động độc lập với Liên Minh Toàn Cầu, nhằm thúc đẩy việc hợp nhất nhân loại. Nhưng sự thật đằng sau việc hợp nhất ấy là sự đàn áp dã man những người chống đối chính phủ, các học thuyết gia và lý luận gia. Setsuna F. Seiei, sau khi thoát chết trong trận chiến bốn năm về trước, đã quay lại và tiếp tục chiến đấu cùng
Emma cùng các bạn của mình đang tận hưởng những ngày tháng hạnh phúc ở trại trẻ mồ côi với chỗ ở ấm cúng, thức ăn ngon, những khoảnh khắc cùng nhau vui đùa, những bài kiểm tra khó nhằn và người mẹ (bảo mẫu) dịu dàng. Tuy nhiên, vào 1 đêm nọ, bí mật kinh hoàng đằng sau cuộc sống màu hồng ấy được Emma khám phá ra
Nanase Takeshi, một tên nam sinh bình thường, có chút hơi hướng tự kỉ, vô tình gặp được một nữ sinh, đến từ một trường nào đó mà cậu không hề biết. Cuộc gặp gỡ đó đã thay đổi toàn bộ cuộc đời của Nanase
một thanh niên tên là Al Wayne đã thề sẽ phát huy tối đa tất cả các kỹ năng trồng trọt của mình và trở thành vua của những người nông dân. Cuối cùng, anh cũng đã hoàn thành nguyện vọng đó của mình để sống như một người nông dân bậc nhất. Tuy nhiên, vào ngày anh thành thạo những kỹ năng liên quan này, cuộc đời anh đã rẽ sang một hướng hoàn toàn khác với nghề nông..