Một lỗ hổng giữa Trái Đất và Dị Giới đã nứt ra bao quanh thành phố New York, giam giữ người dân New York cùng những sinh vật từ chiều không gian khác trong một kết giới không thể xuyên thủng.
bối cảnh của những năm 1937 vào đêm trước của chiến tranh thế giới II,đó là những câu chuyện liên quan đến tổ chức đào tạo điệp viên bí mật.Họ đã tuyển cả những người không phải là sinh viên tốt nghiệp học viện quân sự để làm nhân viên của mình.Bắt đầu huấn luyện họ thành những tay điệp viên có đầy đủ kĩ năng lẫn kinh nghiệm.
Yuta Hibiki không thể nhớ mình là ai, một giọng nói kỳ lạ từ một chiếc máy tính cũ xưa mà chỉ mình Yuta có thể nghe được. Những hình ảnh về cỗ máy không lồ thoáng qua trong đầu, giọng nói ấy như muốn kêu gọi điều gì? Bỗng nhiên chưa hiểu
Cốt truyện của Texhnolyze từ đầu đã bị làm rối một cách cố ý?! Giống như các nhân vật chính, tất cả những gì bạn có thể làm chỉ là im lặng - ngừng suy đoán để đi theo nhịp phim – nhịp tim rất chậm chạp. Họ im lặng và khóc, họ im lặng đi bên nhau, họ im lặng làm việc, họ im lặng giết chóc! Nhân vật duy nhất có thể xoay chuyển được cục diện tối tăm là một cô bé luôn mang chiếc mặt nạ giống công chúa Mononoke với khả năng nhìn thấy được tương lai – rủi thay cũng ăn mặc rất kín đáo và có đôi mắt
Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.