Đây là phần cuối cùng của Initial D First Stage giờ đây Takumi và Shinji của trận đấu như vậy, khai mạc vào ngay lập tức. Shinji được đưa ra dẫn trước. Bunta bước ra khỏi cửa hàng đậu phụ và phá vỡ keypouch của mình sau khi vô tình bị rơi xuống. Bunta đoán một sự kiện không may sẽ xảy ra.
Rean Schwarzer, một giáo sư tại Học viện quân sự Thors ở Đế chế Erebonian. Câu chuyện của anime sẽ tập trung vào phần phía tây của lục địa Zemurian có trong trò chơi
Câu chuyện diễn ra trong thời phong kiến Nhật Bản.Truyện kể về những cuộc phiêu lưu của Jubei Kibagami, một ninja đánh thuê, người có tài dùng kiếm chém gió , người được cho một nhiệm vụ bảo vệ Thánh Long Thạch và bảo vệ Cô Gái Ánh Sáng(Shigure) từ các đảng Hiruko và Kimon.