Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.
Năm 2312 A.D. Bốn năm kể từ cuộc chiến cuối cùng của Celestial Being và Quân đội UN. Sau khi thiết lập một Tổ chức Liên Minh Toàn Cầu, một đội quân mang tên Arrows đã xuất hiện và hoạt động độc lập với Liên Minh Toàn Cầu, nhằm thúc đẩy việc hợp nhất nhân loại. Nhưng sự thật đằng sau việc hợp nhất ấy là sự đàn áp dã man những người chống đối chính phủ, các học thuyết gia và lý luận gia. Setsuna F. Seiei, sau khi thoát chết trong trận chiến bốn năm về trước, đã quay lại và tiếp tục chiến đấu cùng
Câu chuyện về 7 con búp bê tuyệt đẹp của Rozen một lần nữa được kể lại qua 13 tập phim. Nếu như ở series năm 2004, Sakurada Jun – nhân vật chính trong truyện – đã lên cót và phục sinh Shinku, búp bê thứ 5 trong 7 chị em búp bê Rozen Maiden và chứng kiến cuộc chiến giữa 7 con búp bê này nhằm đoạt lấy danh hiệu Alice
Ngày xửa ngày xưa (thật ra là chỉ khoảng vài 100 năm trước thôi), 7 búp bê tuyệt đẹp đã được một người tên là Rozen làm ra. Những búp bê này được gọi là Rozen Maiden, và chúng không chỉ xinh đẹp mà còn có thể hoạt động như người thường (và còn có phép thuật nữa). Tuy nhiên, Rozen đã bỏ rơi họ và đi đâu không ai biết. Những Rozen Maiden chỉ biết rằng muốn gặp lại cha, họ phải trở thành Alice, danh hiệu dành cho búp bê đẹp và hoàn hảo nhất. Và sau vài thế kỷ, những Rozen Maiden vẫn tiếp tục trò
The power of the saint is all around. Takanashi Sei là một nữ nhân viên văn phòng tuổi 20 có chút tham công tiếc việc. Trong một buổi tối về nhà sau giờ làm thêm, cô đột nhiên bị một luồng ánh sáng bao phủ và bị triệu hồi sang thế giới khác dưới thân phận "Thánh Nữ".