Từ lâu, các quốc gia mang tên “Kantou” và “Kansei” đã có một cuộc chiến chia rẽ thế giới. Nhưng vào cuối cuộc chiến, Kansei trở thành chư hầu của Kantō. Tuy nhiên, lực lượng chính phủ và cảnh sát của Kansei đã từ chối và tội phạm trở nên tràn lan. Những tên tội phạm đó được gọi là “Akudama”.
Câu chuyện xoay quanh một cô gái tên là Yuuka, người gặp một sinh vật ở độ sâu của Trái Đất có tên là Chii-chan (một chữ cái của chiteijin, từ tiếng Nhật cho người ở dưới lòng đất), và một người ngoài hành tinh tên là Ucchan (một pun của uchuujin hoặc người ngoài hành tinh ). Câu chuyện diễn ra theo cuộc sống hằng ngày và ấm cúng của họ.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Guideau: một cô gái hoang dã với những chiếc răng nanh dài và đôi mắt của quái thú. Ashaf: một người đàn ông có giọng nói nhẹ nhàng, nét mặt thanh tú và chiếc quan tài buộc sau lưng.
Cốt truyện sẽ đưa khán giả đến năm 2138 trong tương lai, khi khoa học công nghệ phát triển vượt bậc và ngành game thực tế ảo đang nở rộ hơn bao giờ hết. Yggdrasil, một game online vô cùng phổ biến thời gian đó bỗng dưng bị đóng cửa đột ngột, nhưng nhân vật chính Momonga lại quyết định không thoát ra ngoài và khám phá những điều bí ẩn khi thế giới ảo quanh mình ngày một thay đổi.