Các quốc gia trên toàn thế giới thành lập một liên minh để chống lại kẻ thù mới nổi của nhân loại Neuroi, kẻ mà chỉ những cô gái có sức mạnh đặc biệt mới có thể chống lại. Tuy nhiên, Neuroi không bao giờ xuất hiện. Thay vì chiến đấu, các phù thủy dành cả ngày nhàn rỗi.
Tiến sĩ Địa ngục và thú cơ khí của ông đã trở lại, và chúng nguy hiểm hơn bao giờ hết. Kouji Kabuto và Tetsuya Tsurugi chiến đấu chống lại những máy móc quỷ dữ này dưới sự chỉ huy của Baron Ashura. Thật không may, họ bị đánh bại, Mazinger Z của Kouji bị bắt và Great Mazinger của Tetsuya bị thương nặng bởi kẻ thù
câu chuyện kể về những biến đổi trong một tương lai không xa, con người đã thiết kế nên những trò chơi đặc biệt bằng những lá bài được gọi là “Battle Spirit” khi người chơi bắt buộc phải chấp nhận đối mặt với nhau, tính phổ biến của trò chơi này lúc đầu khá ít nhưng dần nó đã phát triển mạnh mẽ và đã trở nên phổ biển hơn trong thế giới.
Một ngày nọ, có một thị trấn bị hủy diệt không để lại chút dấu vết gì. Người duy nhất sống sót sau trận hủy diệt ấy - và gã buôn lậu cô độc Takuya. Cùng với lá thư do cha Yuki để lại, họ đi đến thị trấn Lost mà không ngờ đến những thử thách đang chờ họ trước mắt. Những tổ chức bí ẩn, những âm mưu giấu kín đang chờ đợi Yuki và Takuya khi hai người càng tiến đến gần bí mật của Lost.
Sau khi Wataru giải phóng toàn bộ 7 tầng núi thì cuộc sống đã trở lại yên bình. Nào ngờ thế lực hắc ám lại tiếp tục quay tay khiến cuộc sống bị đảo lộn. Một lần nữa, Wataru lại phải lên đường để chống lại thế lực hắc ám.