Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
Trong tương lai xa, con người xây dựng nhà cửa và nuôi thú vật dưới hang ngầm lòng đất. Kết quả, Họ sống trong sợ hãi của những trận động đất và sụp hầm, và đã vài trăm năm trôi qua, Jeeha là một trong những ngôi làng đó.Một ngày kia, một cậu bé tên Simon đột nhiên tìm thấy một mũi khoan nhỏ, sáng bóng trong khi đào mở rộng đất cho làng. Cùng lúc đó, Kamina, một anh chàng tin tưởng rằng phía trên ngôi làng là một miền đất khác, lập nên một băng để phá xuyên qua mái vòm để có thể rời khỏi hang
Trong phim, nhân vật chính là Ash Ketchum VK cùng những người bạn của cậu như: Brock, Misty, Tracey, May, Max và Dawn. Và dĩ nhiên, không thể thiếu chú Pokémon điện nhỏ màu vàng Pikachu. Ash vượt qua 5 vùng đất trong vương quốc Pokémon (Kanto, Orange, Johto, Hoenn và Sinnoh) để giành được danh hiệu nhà huấn luyện Pokémon vô địch (Pokémon Master). Cứ mỗi cuộc hành trình vào các vùng đất, cậu lại làm quen với những người bạn mới và thu phục các Pokémon mới.
Trong thế kỷ thứ 25 , một tàu vũ trụ chở 300 người rời khỏi trái đất để tìm kiếm hành tinh mới trong hệ mặt trời , nhưng một tai nạn bất ngờ xảy ra . Họ đâm vào một hố đen được kết nối với một vũ trụ khác . Những người trên tàu, bị hút tới một hành tinh gọi là Ismo . Câu chuyện bắt đầu 12 năm sau khi họ đã ở lại Ismo 12 năm
Misumi Makoto vốn chỉ là một học sinh trung học bình thường, giỏi bắn cung và đam mê phim lịch sử. Nhưng rồi một ngày kia khi cậu tỉnh lại, thì bỗng phát hiện ra mình đang ở một nơi kỳ quái không để đâu cho hết! Một thế giới xa lạ, một nơi thậm chí còn không thuộc về Trái Đất?