Trong bối cảnh mà các nhà phát triển game lẫn game thủ chỉ quen thuộc với những thể loại kinh điển như chiến thuật (RTS), bắn súng (FPS), game mô phỏng thể thao,... thì Shenmue đã mang đến những định nghĩa và khái niệm mang tính đột phá
Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
Tiếp nối chuỗi sự kiện trong quá khứ, Jin và các đồng đội đều mất trí nhớ. Thức dậy sau một giấc mơ kỳ lạ, con quay của Jin tiến hóa thành một con quay NADO quyền năng. Sau đó cậu tìm lại được ba người bạn của minh, lúc này cũng đang nắm giữ trong tay những con quay NADO hùng mạnh.
Câu chuyện kể về một người đàn ông tên Toru Amuro, người luôn che giấu nhiều bí mật trong cuộc đời mình. Anh ta có nhiều danh tính khác nhau, chẳng hạn như một cảnh sát, một người theo chủ nghĩa âm nhạc của Bourbon, hoặc em trai của anh ta.
Tiến sĩ Địa ngục và thú cơ khí của ông đã trở lại, và chúng nguy hiểm hơn bao giờ hết. Kouji Kabuto và Tetsuya Tsurugi chiến đấu chống lại những máy móc quỷ dữ này dưới sự chỉ huy của Baron Ashura. Thật không may, họ bị đánh bại, Mazinger Z của Kouji bị bắt và Great Mazinger của Tetsuya bị thương nặng bởi kẻ thù