Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Tại học viện linh linh Alessia, nơi đào tạo các tinh linh sứ, người có thể khế ước với tinh linh.Nhân vật chính chúng ta Kamito trong lúc đang ngơ ngơ để tìm đường vào Học viện, cậu ta đã “vô ý” thấy cảnh con nhà người ta tắm, thế này anh chàng bị dí đánh cho u đầu mẻ trán sau đó bla bla cô nàng bắt cậu ta phải thực hiện khế ước tinh linh và trở thành nô lệ cho cô ta.Chi tiết thì mời xem khắc rõ
Một trò chơi thẻ bài mới kết nối các vũ trụ song song và những thẻ bài đặc biệt đóng vai trò như các cánh cổng đưa quái thú tới Trái Đất để chúng trờ thành chiến hữu với con người. Cùng chiến hữu là quái thú rồng Drum Bumker, cậu bé Gao Mikado vượt qua rất nhiều thử thách chiến đấu và đối đầu với các thế lực xấu xa
Trong bối cảnh mà các nhà phát triển game lẫn game thủ chỉ quen thuộc với những thể loại kinh điển như chiến thuật (RTS), bắn súng (FPS), game mô phỏng thể thao,... thì Shenmue đã mang đến những định nghĩa và khái niệm mang tính đột phá
Câu chuyện kể về một cô gái tình cờ gặp một chàng trai với một mớ nhạc cụ khác thường. Cuộc gặp gỡ tình cờ này chính là giữa một nữ ca sĩ đầy hi vọng và một người chơi shamisen – loại nhạc cụ 3 dây truyền thống của Nhật Bản. Hai số phận đã được gắn kết lại với nhau bằng âm nhạc.