Bộ truyện sẽ khám phá một vũ trụ thay thế cho bộ chính, và sẽ tập trung vào Kouji Ibuki, một nhân vật phản diện trong Cardfight !! Phim Vanguard: neon Messiah và Suiko Tatsunagi.
Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki, và Fuu Hououji là những người lạ mặt mang về số phận khi họ gặp nhau trong một chuyến đi thực tế bình thường đến tháp Tokyo. Cùng với ánh sáng lóe sáng, họ nghe thấy lời kêu gọi của một người phụ nữ bí ẩn cứu Cephiro,
Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Câu chuyện xoay quanh những con người ở Thái Vân quốc, vẽ nên bức tranh tuy chân thực nhưng cũng đầy chất thơ về một thời đại cổ xưa. Ở nơi đó, vị Hoàng đế 19 tuổi đăng cơ sau khi cuộc chiến ròng rã tranh đoạt ngai vàng của Hoàng thất vừa kết thúc. Gánh trách nhiệm giang sơn trên vai, Hoàng đế Shi Ryuuki lại chỉ một lòng muốn đem ngôi vị nhường lại cho người Hoàng huynh lưu lạc đã lâu, từ đó sinh ra chểnh mảng việc nước, khiến cho bá quan đều cảm thấy bất phục.
1 Original anime lấy bối cảnh là Tokyo năm 2039, 10 năm sau cơn đại dịch virus "Lost Christmas", Nhật Bản hiện đang nằm dưới sự điều khiển của 1 tổ chức toàn cầu có tên GHQ. Nhân vật chính Ohma Shu là 1 thanh niên 17 tuổi, bàn tay phải của cậu có năng lực đặc biệt giúp cậu chứa vũ khí. Cuộc sống của Shu thay đổi từ lúc cậu gặp 1 cô gái tên Yuzuriha Inori, thành viên của 1 tổ chức du kích phản động tên Undertaker.