câu chuyện diễn ra trên một hòn đảo, nơi một “Hệ thống Fractale” đang bắt đầu sụp đổ. Một ngày nọ, Clain tìm thấy một cô gái bị thương gọi là Phryne dưới một vách đá. Cô biến mất để lại một mặt dây chuyền. Clain đặt ra cho một cuộc hành trình với những cô gái có hình avatar Nessa để tìm Phryne và phát hiện ra bí mật của hệ thống Fractale.
Sau khi trạm chán với đội Plasma ; 3 người Satoshi, Iris, Dent bắt đầu cuộc hành trình mới tại quần đảo Dekorora N: Là chàng trai có thể nghe được giọng nói của pokemon, đi xuyên suốt vùng Isshu để tìm ra câu trả lời cho mối quan hệ giữa Pokemon và Con người. Anh ta gọi Pokemon là những người bạn. Ghetsis Harmonia: Thủ lĩnh đội tổ chức tà ác Plasma, âm mưu thâu tóm vùng Isshu, đang tìm kiếm N.
Câu chuyện kể về một cô gái tên là Ronja là người con gái của một tộc trưởng của một bộ lạc kẻ cướp và sống trong một lâu đài khổng lồ trong rừng với những tên cướp. Câu chuyện sau Ronja khi cô gặp những sinh vật huyền bí làm bạn bè với một đứa trẻ như mình, và trải nghiệm cuộc sống trong rừng.
Trong tương lai xa, con người xây dựng nhà cửa và nuôi thú vật dưới hang ngầm lòng đất. Kết quả, Họ sống trong sợ hãi của những trận động đất và sụp hầm, và đã vài trăm năm trôi qua, Jeeha là một trong những ngôi làng đó.Một ngày kia, một cậu bé tên Simon đột nhiên tìm thấy một mũi khoan nhỏ, sáng bóng trong khi đào mở rộng đất cho làng. Cùng lúc đó, Kamina, một anh chàng tin tưởng rằng phía trên ngôi làng là một miền đất khác, lập nên một băng để phá xuyên qua mái vòm để có thể rời khỏi hang
Vùng đất do những con thú khổng lồ tạo ra đã bị con người đánh cắp. Quá tức giận, những con thú bắt đầu ăn thịt con người, con người đã kêu gọi các vị thần chiến đấu với những con thú. Trong thời đại của kiếm, anh hùng và thần thoại, những con thú khổng lồ bị con người săn lùng để lấy lợi lộc.