Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
Brandon Heat và Harry MacDowel hai người bạn thân, họ sống một cuộc sống vô tư lự ngoài vòng pháp luật cùng với những người bạn của mình, nhưng bị kịch diễn ra sau khi tất cả những người bạn của họ đều bị mưu sát. Trên đường bỏ chạy, cả hai vô tình gia nhập vào Millennion, một tổ chức Mafia khét tiếng. Câu chuyện bắt đầu từ đây.
Trước tình hình những nguồn năng lượng lỗi thời đã trở nên cạn kiệt, nhân loại đã tìm ra một nguồn năng lượng mới để thay thế: một hệ thống năng lượng mặt trời với ba thang máy quỹ đạo. Tuy nhiên chỉ một vài nước lớn và đồng minh của họ hưởng lợi ích từ hệ thống này Ba siêu cường quốc sở hữu ba thang máy quỹ đạo: The Union đặt cơ sở ở Hoa Kỳ; Human Reform League gồm trung Quốc, Nga và Ấn Độ; cuối cùng là Châu Âu AEU. Những siêu cường quốc này tiếp tục cạnh tranh với nhau về giá trị và sự phát
Chakuro là nhà lưu trữ cá voi bùn qua 14 năm, một hòn đảo cực kỳ phi lý trôi nổi trên mặt biển cát vô tận. Chín trong số mười cư dân cá voi bùn đã được ban phước và bị nguyền rủa với khả năng sử dụng saimia, quyền hạn đặc biệt làm họ phải chết sớm.
Emma cùng các bạn của mình đang tận hưởng những ngày tháng hạnh phúc ở trại trẻ mồ côi với chỗ ở ấm cúng, thức ăn ngon, những khoảnh khắc cùng nhau vui đùa, những bài kiểm tra khó nhằn và người mẹ (bảo mẫu) dịu dàng. Tuy nhiên, vào 1 đêm nọ, bí mật kinh hoàng đằng sau cuộc sống màu hồng ấy được Emma khám phá ra