ở thế kỷ 15 tại Pháp trong cuộc chiến suốt cả Trăm năm với nước Anh. Montmorency, con trai của một quý tộc, đắm mình trong việc học phép thuật và thuật giả kim tại một trường học dành cho các hiệp sĩ. Tuy nhiên, sau khi Pháp thất bại tại Agincourt, ngôi trường này đã tan rã và Montmorency buộc phải trốn chạy. Trong khi chạy, cậu gặp một cô gái thôn quê thần kỳ tên là Jeanne
Cafe Kuronekotei là một quán cà phê nằm ở một góc của quận 5 của Cố đô. Những cô gái làm việc ở đó là những con búp bê cơ khí tự động (automata), đỉnh cao của công nghệ hiện đại. Chúng được tạo ra để làm vũ khí chiến đấu trong cuộc đại chiến, nhưng chiến tranh giờ đã kết thúc.
Ngay khi hành tinh này tiến gần đến Thế chiến thứ ba, những cá nhân có siêu năng lực đã xuất hiện từ khắp nơi trên thế giới để duy trì hòa bình. Họ trở thành biểu tượng của quốc gia mình, nỗ lực hạn chế tội phạm và đưa những kẻ ác ra trước công lý.
Chakuro là nhà lưu trữ cá voi bùn qua 14 năm, một hòn đảo cực kỳ phi lý trôi nổi trên mặt biển cát vô tận. Chín trong số mười cư dân cá voi bùn đã được ban phước và bị nguyền rủa với khả năng sử dụng saimia, quyền hạn đặc biệt làm họ phải chết sớm.
Câu chuyện kể về Train Heartnet, một sát thủ trứ danh với biệt danh Mèo Đen. Train Heartnet được biết đến như một kẻ khủng khiếp nhất trong giới tội phạm quốc tế, được coi là thần chết, không có kẻ nào là nạn nhân của cậu mà còn sống sót. Cậu luôn mang trong người một khẩu súng lục đen cũng có tên là thần chết (Hades - thần cai quản địa ngục), được kí hiệu XIII (thành viên thứ XIII của tổ chức Chronos). Để chứng tỏ điều đó, cậu đã xăm dấu XIII nơi gần cổ của mình (kí hiệu ấy giống như khẩu súng