diễn ra trong các đô thị theo phong cách cyberpunk của thành phố Neo Saitama. Sau khi vợ và con của mình bị giết trong một cuộc chiến tranh giữa các ninja, Kenji Fujikido, đã bị ám ảnh bởi một linh hồn ninja bí ẩn được gọi là Naraku Ninja.
Kaname Sudou, một học sinh cao trung, người đã bị hút hồn vào một trò chơi bí ẩn có tên là “Trò chơi của Darwin”. Cậu đã tham gia vào một trò chơi đời thường nơi mà quyết định sự sống hay cái chết.
Đã có nhiều trường hợp các bài hát bị đánh cắp xảy ra ở quận Yokohama gần đây của các thần tượng. Ngay cả siêu thần tượng Marine Amagi ca khúc hit của "Kiseki no Uta" cũng đã bị lấy đi. Theo yêu cầu của Marine, nhóm Milky Holmes bắt đầu điều tra vụ việc.
Vào thời Chiến Quốc của Trung Quốc cổ (476-211 trước Công nguyên), chiến tranh đã gây nên vô số những điều thảm khốc khiến cho nhiều người mất đi gia đình, người thân, trong số đó có 2 cậu bé là Shin và Hyou của vương quốc Tần.
Mọi việc khởi đầu vào năm 1753 khi chiếc quan tài chứa xác của Lia de Beaumont trôi dạt trên sông Seine vào bờ tại Paris. Quá đau buồn, D’Éon de Beaumont cố tìm kiếm nguyên nhân cái chết của chị gái mình. Để tìm ra sự thật và giúp linh hồn Lia yên nghỉ, D’Éon tiếp tục con đường của chị mình mà không biết có quá nhiều bí mật đằng sau cái chết của Lia. Rồi D’Éon sẽ tìm thấy những bí mật gì đây?