Thời đại Mạc Phủ. Nơi Kinh Đô không còn là Kyoto, mà là Edo. Một câu chuyện xoay quanh cuộc đời và sự nghiệp chiến đấu của các thành viên trực thuộc Tân Đảng-Tân Tuyển Đảng (Shinsengumi). Với chữ “Thành” thêu trên cờ xí, những kiếm sỹ Tân Đảng coi cái chết nhẹ tựa lông hồng, mục tiêu của họ chính là bảo vệ trị an của một thời đại sắp sửa lụi tàn nhường bước cho Minh Trị thời đại.
phần 2 sau các sự kiện của trò chơi thứ hai tập trung vào các lục địa bị mất của Mu. Các nền văn minh cổ xưa đã biến mất từ lâu, và một vài trong sốnhững tàn tích của nó vẫn còn tồn tại như những huyền thoại và truyền thuyết gọi là UMAs (Mystery Unidentified vật tương tự như FM-IANS rằngcũng có khả năng kết hợp được với con người). Các UMAs bắt đầu hợp nhấtvới con người để tìm kiếm những kho báu của Mu, các OOPArts mạnh mẽ,mà sẽ cung cấp cho họ khả năng hồi sinh Mu.
The Angelic Guard, who call the heavens their home, have been tasked with collecting the orbs scattered across the world. Lucifer—a leader of the Angelic Guard with a rebellious streak, said to wield power rivaling the Almighty—carries out her duty along with Uriel, also a leader of the guard.
Khi 3 kẻ hoàn toàn xa lạ với nhau, Mishiba Toki, Nakajou Nobuto và Saitou Kazu được một tổ chức chọn để tham gia vào Bus Game, dưới hình thức là một dạng võ đài đánh nhau ngầm giữa 2 hay nhiều cá nhân ẩn chứa nhiều điều bí ẩn, họ đã quyết định chọn tên cho team của mình là “AAA” (tức là 3 chữ anonymous – nghĩa là kẻ không có tên).
Phần 2 của Hyakka Ryouran: Samurai Girls. Theo PV, có vẻ phần này sẽ có thêm nhiều em nữa.