Câu chuyện diễn ra trong thời điểm thế giới đang trong hố sâu tuyệt vọng khi bị tàn phá bởi chất độc gọi là "Shinobi", đến Trái Đất qua một thiên thạch. Mọi người rời đến nơi gọi là "Kairiku", đã từng là đáy đại dương. Ở đó, mọi người cố gắng bảo vệ họ khỏi ảnh hưởng của chất độc. Trong một thế giới như vậy, có một tia sáng hy vọng nhỏ nhoi. Đó là Vũ khí Thần thánh Giga Road và chiến binh huyền thoại Yagyuu.
Câu chuyện xảy ra trong tương lai, khi con người và robot chung sống với nhau, trong không khí thù nghịch và đối đầu nhau. Hai chú cháu nhà thám từ của cậu bé Kenichi rời Nhật Bản đến TP Metropolis để truy bắt tên tội phạm, tiến sĩ Laughton. Nhưng, khi bắt giữ được Laughton, 2 chú cháu lại bị cuốn vào 1 âm mưu khủng khiếp.
Mở đầu một câu chuyện mùa-hè-ở-miền-quê đặc trưng của Nhật và đột ngột chuyển thành cuộc phiêu lưu ngoài vũ trụ. Một nhóm năm trẻ em gan dạ bỗng bị chuyển tới phần tối của mặt trăng – nhưng lại hóa ra là một khu nghỉ dưỡng giữa các vì sao – và thậm chí khi đi xa hơn, tất cả bởi vì một viên thuốc to lên ở khắp mọi nơi trong vũ trụ được cho là mọc ra từ Trái đất.
Vào năm 2142, trái đất đang đứng trên bờ vực thảm hoạ diệt vong. Bầu khí quyển ô nhiễm trầm trọng. Lúc này, chính quyền các nước nghiên cứu, tạo ra Ecoban, một thành phố có khả năng "tự sinh trưởng", được xem như một con thuyền Noah thứ hai, giúp nhân loại tránh khỏi cảnh diệt vong. Nguồn thức ăn của Ecoban không gì khác ngoài sự ô nhiễm. Những tưởng mọi chuyện sẽ tốt đẹp nhưng chính sự thối nát của chính quyền Ecoban lại sẵn sàng tạo nên một thảm kịch mới.
3 kẻ vô gia cư: Gin – 1 tay cờ bạc nợ nần chồng chất, Hana – 1 gã “bóng”, và Miyuki – 1 nữ sinh bỏ nhà đi cùng chung sống với nhau tình cờ tìm được 1 em bé sơ sinh bị bỏ mặc trong bãi rác. Họ quyết định đặt tên đứa bé là Kiyoko, và sau nhiều tranh cãi, quyết định lên đường để tìm cha mẹ đẻ của đứa bé. Và trên hành trình đó, bí mật của mỗi người dần dần được hé lộ