Trong một tuơng lai không xa con người đã thành công trong việc định cư trên vũ trụ với các Colony khổng lồ trên quĩ đạo Trái Đất.Năm bắt đầu xây dựng các Colony được tính là năm After Colony thứ nhất.Trong một khoảng thời gian dài các Colony đã thành công trong việc bảo vệ nên độc lập của mình với Trái Đất
Mọi việc khởi đầu vào năm 1753 khi chiếc quan tài chứa xác của Lia de Beaumont trôi dạt trên sông Seine vào bờ tại Paris. Quá đau buồn, D’Éon de Beaumont cố tìm kiếm nguyên nhân cái chết của chị gái mình. Để tìm ra sự thật và giúp linh hồn Lia yên nghỉ, D’Éon tiếp tục con đường của chị mình mà không biết có quá nhiều bí mật đằng sau cái chết của Lia. Rồi D’Éon sẽ tìm thấy những bí mật gì đây?
Mireille Bouquet là một sát thủ chuyên nghiệp. Cô đã cùng cô gái Nhật Kirika Yumura làm "một cuộc hành hương về quá khứ". Họ cùng nhau tìm sự thật về một tổ chức hàng ngàn năm tuổi đã kiểm soát cuộc sống của họ kể từ khi sinh ra. Và đầu mối duy nhất trong cuộc tìm kiếm của họ, tên mật của họ: một cái tên nói đến một thiên mệnh cổ xưa, của hai thiếu nữ cai quản cái chết - Noir được xem là anime đầu tiên trong bộ 3 anime về girls-with-guns gồm Noir, Madlax và El Cazador de la Bruja.
Phần thứ 5 này diễn ra tại Kanagawa, một lần nữa Takumi Fujiwara sẽ phải biểu diễn kỹ năng tuyệt đỉnh của mình với chiếc xe 86 (Hachi-roku) huyền thoại.
Scorpion tên thật là Hanzo Hashashi, người vừa lãnh đạo bộ lạc Shirai Ryu trở nên bất khả chiến bại và làm tất cả đối thủ khiếp sợ. Sức mạnh của Hanzo vừa khiến anh bị nhiều kẻ thù dòm ngó. Bọn chúng thậm chí còn đặt cho anh biệt hiệu Scorpion (Bò cạp).