Câu chuyện của trò chơi kết hợp nhiều cách chơi khác nhau, vì vậy người chơi phải chơi nhiều lần để tìm hiểu chuyện gì đã xảy ra và nhìn nó từ các quan điểm khác nhau. Do đó, Nó khám phá các khái niệm triết học nghiêm túc và thúc giục người chơi suy ngẫm về vị trí của họ.
Ngày xửa ngày xưa (thật ra là chỉ khoảng vài 100 năm trước thôi), 7 búp bê tuyệt đẹp đã được một người tên là Rozen làm ra. Những búp bê này được gọi là Rozen Maiden, và chúng không chỉ xinh đẹp mà còn có thể hoạt động như người thường (và còn có phép thuật nữa). Tuy nhiên, Rozen đã bỏ rơi họ và đi đâu không ai biết. Những Rozen Maiden chỉ biết rằng muốn gặp lại cha, họ phải trở thành Alice, danh hiệu dành cho búp bê đẹp và hoàn hảo nhất. Và sau vài thế kỷ, những Rozen Maiden vẫn tiếp tục trò
Kojirou Shindou, một nhân viên ngoại vụ, tình cờ có mặt tại Sân Bay Haneda để chuẩn bị chuyến công tác. Giữa máy bay đang trên đường băng, bỗng chốc một khối kiến trúc đồ sộ xuất hiện từ hư không. Chiếc máy bay mang theo Shindou cùng 251 hành khách lạc vào bên trong khối kiến trúc đó. Tại đây Shindou gặp được một chàng trai trẻ, Yaha-kui zaShunina, và câu truyện bắt đầu.
Câu chuyện xảy ra ở tương lai gần khi mà GunPla Battles, một cuộc thi nơi các mẫu Gundam nhựa chiến đấu với nhau, trở nên nổi tiếng toàn cầu trong sự kiện "Quả bom GunPla lần 2". Sei Iori, một cậu bé lớp 7 và là con của một chủ shop chuyên bán các mẫu lắp ghép Gundam, rất có tài lắp ráp GunPla, nhưng cậu bé lại mù tịt về GunPla Battles.
Vào giữa thế kỉ 21, động đất và ảnh hưởng của sự nóng lên toàn cầu đã phá hủy Nhật Bản. Đất nước này đã trở thành một khu rừng lớn nhất thế giới để hấp thụ CO2 do thứ thuế carbon cản trở sự phục hồi của nó. Một số người sống cuộc sống sung túc trong dự án thành phố Atlas, trong khi số còn lại ở bên ngoài với nền kinh tế lạc hậu. Trước sự bất công xã hội càng lúc gay gắt, Kuniko phải dẫn dắt người dân của cô ấy đến Atlas. Thế nhưng ẩn bên trong miền đất hứa Atlas này là gì.