Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Ryza là một cô gái bình thường. Mệt mỏi với cuộc sống làng quê buồn tẻ, cô trốn khỏi làng để tụ tập với những người bạn tốt của mình tại một địa
Nakajima Youko is your average somewhat timid high school student. One day, a strange man named Keiki appears before her, swearing allegiance. Before she could properly register what was happening, demon-like creatures attack Youko and her friends, after which they are pulled into a different world. A world unlike what she has ever known. Separated from Keiki, Youko and her friends must do whatever they can if they wish to survive in this new world.
Vào cái ngày tốt nghiệp trung học, em họ của Itsuki, Mahiru, nói với anh rằng cô đang mang thai. Ngay sau đó, một cánh cửa ánh sáng xuất hiện và mang cả hai vào thế giới của Granvania. Tại vùng đất này, "tạp chất" đã gây ra một sự xáo trộn cho các ngôi sao, cuối cùng lao xuống Granvania tạo nên 1 mớ hỗn độn.
Câu chuyện xoay quanh cậu học sinh trung học Michio Kaga. Lang thang không mục đích trong cuộc sống cũng như trên internet, cậu vô tình được đưa từ một trang web mờ ám đến một thế giới tưởng tượng - tái sinh thành một người đàn ông mạnh mẽ có thể sử dụng sức mạnh "ăn gian".