Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
Tại một thế giới dưới lòng đất nào đó mang tên là Endra được chiếu sáng bởi Adamas khổng lồ. Một ngày nọ, Shun Asanaga - một học sinh trung học 15 tuổi người trên mặt đã vô tình chạm vào 1 tinh thể của người cha cũng là nhà khoa học mình và bị dịch chuyển đến Endra.
Trung bình cơ thể con người gồm có 60 nghìn tỉ tế bào. Mỗi tế bào tuy nhỏ bé nhưng đều bận rộn tất bật với công việc và chức năng của riêng mình: Hồng Cầu giúp vận chuyển Oxi, Tiểu Cầu giúp làm đông máu... Khi con người bị thương, virus và vi khuẩn sẽ nhanh chóng xâm nhập vào cơ thể, và khi dị ứng bắt đầu lan tỏa
Thế giới năm 20xx, con người đã có thể dùng mạng máy tính siêu cấp, máy tính đã giúp thế giới có một thiên đường giải trí riêng. Nhưng ở đâu cũng có 2 mặt, một tổ chức phá hoại tên là "World Three" thề sẽ phá hủy nền công nghệ này. Bộ phim được xây dựng dựa trên tựa game Megaman Battle Network của Capcom và manga cùng tên. Nhân vật chính của chúng ta, Hikari Netto, một học sinh lớp 5, cùng với đồng hành của mình là Rockman, cùng nhau bước trên con đường dài chống lại tổ chức phá hoại World
Ai lúc nhỏ xem rồi thì sẽ biết nhưng thôi chém tí: Meimi là một nữ sinh bình thường nhưng khi đêm xuống thì cô trở thành một "siêu trộm" biệt danh là Saint Tail. Cố gắng bắt Meimi là Asuka Jr một thám tử nghiệp dư học cùng lớp với cô. Rồi trời xui đất khiến sao cho một người thì mỗi khi ăn trộm lại "la làng" cho thám tử biết còn 1 người thì lúc đầu muốn bắt trộm sau lại muốn "chiếm" luôn tên trộm đó thế là Happy Ending