Một sát thủ Đài Loan trẻ có tên mã là Glass Heart tự tử bằng cách nhảy ra khỏi một tòa nhà, và trái tim của cô đã bị xuyên thủng bởi hàng rào bằng kim loại. Thật kỳ diệu, cuộc sống của cô đã được cứu bởi cấy ghép tim.
Câu chuyện sẽ kéo dài trong 1 thế kỷ và 3 thế hệ của Gundam Pilots. Vào năm A.G. (Advanced Generation) 101 — vài trăm năm sau khi con người có thể di trú ra những colony ngoài vũ trụ — Unknown Enemy [ Kẻ thù chưa được biết đến ] (UE) bất ngờ tấn công vào colony Angel và phá hủy nó. Thảm họa gây nên cái chết của vô số người đã được biết đến sau đó là "The Day the Angel Fell From the Skies." [ Ngày mà những thiên thần rơi xuống từ bầu trời ] 7 năm sau, cuộc chiến với UE xảy ra tại 1 colony yên
Chuyện kể về 3 chị em, vì cha bị mất tích một cách bí ẩn, nên 3 chị em lập lên một nhóm tên là Cats Eye để tìm những manh mối về người cha của mình.
Bối cảnh của Anime diễn ra ở Osaka vào năm 20XX – xoay quanh Hand Shakers – thứ có thể triệu hồi “Nimrodes” – thứ vũ khí sinh ra từ sâu thẳm tâm hồn của con người. Các Team sẽ sử dụng Hand Shakers để chiến đấu với các đội khác. Và đội chiến thắng cuối cùng sẽ được gặp và thách đấu với “Chúa”.
Một lỗ hổng giữa Trái Đất và Dị Giới đã nứt ra bao quanh thành phố New York, giam giữ người dân New York cùng những sinh vật từ chiều không gian khác trong một kết giới không thể xuyên thủng.