Kamikura Hiroki là một họa sĩ tài năng kể từ khi còn đi học, nhưng vì lý do nào đó mà cậu từ bỏ nghiệp làm họa sĩ của mình. Bây giờ cậu đang là thực tập sinh của học viện Nadeshiko để chuẩn bị cho bước đường trở thành sensei. Một ngày kia, cô em họ của cậu - Housen Elis đến ở cùng với cậu và nhập học ở trường Nadeshiko.
Câu chuyện của Stein Gate diễn ra ở Akihabara, câu chuyện kể về một nhóm bạn cố gắng biến cái lò vi sóng của họ thành một bộ máy gửi được tin nhắn về quá khứ. Trong lúc họ thực hiện các thí nghiệm khác nhau, thì họ bị một tổ chức mang tên là SERN cũng đang nghiên cứu lãnh vực du hành vượt thời gian theo dõi. Khi đó, các nhân vật của chúng ta phải cố gắng trốn thoát khỏi nanh vuốt của tổ chức đó. Thế rồi câu chuyện bắt đầu.
Một sự kiện khải huyền đã biến Trái đất thành một vùng đất hoang vắng, để lại một cô gái trẻ là người duy nhất sống sót. Trong cuộc hành trình xuyên qua môi trường loạn lạc này, cô được theo sau bởi một người bạn đồng hành kỳ quặc: một con vật cưng biết nói Shiba Inu!
Nữ chính bỏ học cấp ba vào năm thứ hai và đặt mục tiêu vào đại học khi làm việc một mình ở Tokyo.
Một seri của Super Sonico, linh vật của sự kiện “Nitro Super Sonico” được tổ chức tại Nitroplus